一座平静的海边城市，沉默孤独的少女桐岛佳叶子（市川実日子暂无内容饰）是当地女子高中的高三学生。她因性格原因受到同学们的孤立，每日沉浸在空寂落寞的情愫中，不知未来将在何处。或许因这同样的境遇，同班的远藤雅美（小西真奈美暂无内容饰）引起了佳叶子的注意。雅美高二时曾休学一年，她仿佛超脱于世外，既为周遭所不容，也不在意他人的看法。佳叶子出于好奇，慢慢地走入雅美的世界。雅美全心接受了这个孤独的朋友，她所热爱...

半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙暂无内容配音）与多萝茜（佐仓绫音暂无内容配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里暂无内容配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…...